市食品药品监督管理局（市食品安全委员会办公室）设11个内设机构。
（一）办公室
    负责文电、会务、机要、保密、信访、档案等机关日常工作；承担政务公开、安全保密、信访等工作；拟定全市食品药品监督管理工作规划、计划并组织实施，起草综合性文稿等；负责机关及其所属单位的机构编制、人事劳资、财务审计、国有资产管理等工作；负责机关安全和后勤保障工作。
（二）法规监督科
    负责规范性文件审核备案；负责本系统依法行政、行政执法监督工作；承担本级行政处罚案件审核工作；承担本部门行政复议、行政应诉和听证等工作；组织指导全市食品、药品、医疗器械、化妆品违法案件稽查工作，协调查处重大违法案件；完善行政执法与刑事司法衔接机制。
（三）综合协调与应急管理科
    负责有关部门和县区人民政府履行食品药品安全监督管理职责考核评价工作；负责拟订食品药品安全重大整顿治理和检查行动方案并协调、监督实施；指导全市食品药品安全应急管理体系建设，指导应急处置和调查处理工作；参与组织开展食品安全风险监测，收集汇总全市食品、药品安全信息；受理群众投诉举报，依法组织查处违法行为；承担市食品安全委员会办公室日常工作。
（四）食品生产监管科
    负责食品生产行政许可并承担相应责任；承担全市食品生产监督管理工作；负责监督实施生产环节食品安全监督管理办法；监督县区食品药品监督管理部门严格依法履行食品生产监督管理责任和食品生产行政许可。
（五）食品流通监管科
    负责食品流通行政许可并承担相应责任；承担全市食品流通监督管理工作；负责监督实施流通环节食品安全监督管理办法；监督县区食品药品监督管理部门严格依法履行食品流通监督管理责任和食品流通行政许可。
（六）餐饮服务食品监管科
    负责餐饮服务行政许可并承担相应责任；承担全市餐饮服务食品监督管理工作；负责监督实施餐饮服务食品安全监督管理办法；监督县区食品药品监督管理部门严格依法履行餐饮服务食品监督管理责任和餐饮服务行政许可。
（七）药品化妆品生产监管科
    承担全市药品、化妆品生产监督管理工作；负责监督实施药品生产质量管理规范；负责放射性药品、麻醉药品、毒性药品、精神药品、药品类易制毒化学品监督管理工作；组织开展药品不良反应监测和药物滥用监测工作。
（八）药品化妆品流通监管科
    负责药品零售行政许可并承担相应责任；承担全市药品、化妆品流通监督管理工作；承担药品、医疗器械、保健食品广告的监测工作；监督实施药品经营质量管理规范；监督流通领域实施药品分类管理；监督县区食品药品监督管理部门严格依法履行药品、化妆品流通环节监督管理责任。
（九）医疗器械监管科
    负责医疗器械经营行政许可并承担相应责任；负责第一类医疗器械产品注册；承担全市医疗器械监督管理工作；监督实施医疗器械质量管理规范；组织开展医疗器械不良事件监测工作；监督县区食品药品监督管理部门严格依法履行医疗器械监督管理责任。
（十）技术标准监督科
    负责监督落实食品、药品、医疗器械、化妆品技术标准；负责食品、药品、医疗器械、化妆品监督抽验，下达检验计划，并定期分析、通报检验结果；负责食品药品检验检测体系建设和管理。
（十一）宣传教育科
    负责食品药品安全监管宣传工作，组织开展食品药品安全知识宣传活动；建立并落实新闻发言人和食品药品安全信息统一发布制度；负责食品、药品、医疗器械、化妆品从业人员培训及上岗证、健康证办理工作；负责食品药品电子监管追溯体系和信息化建设；负责食品药品监管信息收集、统计、分析工作。